日本大腸肛門醫學會的專科醫師不論在肛門科或大腸外科的領域都受過一定程度的訓練，就醫時建議選擇有這類專科醫師的醫院或診所。如果附近沒有專科醫師，也可以先諮詢家庭醫師，再由家庭醫師轉介。近年來開始有許多病人會上網搜尋相關資訊，但網路上的資訊真假參半，若照單全收相當危險。相較之下參考熟人，尤其是醫療從業人員的相關經驗會比較有用。
肛門廔管初期肛門周圍會化膿。這個情況稱為「肛門周圍膿瘍」，會伴隨劇烈疼痛。如果感覺發熱腫脹，千萬不可隱忍，應盡速就醫。這個時候尤其需要注意的是在深處的腫瘍。若內科醫師或經驗較少的醫師僅檢查表面，就可能沒發現裡面有腫瘍，在沒有查明原因的情況下開抗生素治療。這段時間患部仍會持續惡化。如果覺得有異，可考慮到專科醫院尋求第二意見。病人都放下對肛門科的羞恥心來就醫了，醫師也應該仔細診斷，所以選擇適合的醫院也是很重要的。
建議選擇日本大腸肛門醫學會或日本臨床肛門醫學會等的專科醫師看診。雖然包括大學附設醫院的各種大小醫療院所都有「肛門科」，但如果醫院或診所的標示是像「○○科、○○科、○○科、肛門科」這樣在最後面標示肛門科，其中可能會有只會持續開藥的醫療院所。推薦選擇會提供病人各種治療建議的醫院或診所，治療建議包含手術的必要性，如「萬一沒發現癌症就有可能延誤治療，所以如果持續流血建議做腸道檢查」、「如果持續疼痛就不能只用保守療法來治療」等等。最好是會明確出示治療方針，且說明可讓病人接受的醫院。若症狀遲遲沒有改善，也可以選擇換一家看診。另外也可以選擇肛門手術經驗豐富的醫院或診所。
選擇醫院時，最好選擇醫師具消化外科經驗的醫院。因為外科醫師在有直腸肛門手術的實習經驗，可以在了解一般病人治療流程的情況下治療。另外有時病人雖然恢復狀況良好，但表示自己仍有疼痛跟出血的症狀，而有些醫師會直接否定病人的症狀描述，最好也避免選擇這樣的醫師。舉例來說，曾經有病人在檢查時一切正常，透過精密檢查才發現肛門深處發生直腸脫垂。我自己累積越多經驗，就越相信病人自己講的通常都是正確的。如果感覺醫師的診斷不符合自身症狀，就一定要換一家醫療院所看診。
現在是追求專業性的時代，很多人都開始知道要選擇肛門科（肛門外科、肛門內科）。肛瘺診察的方式是將手指伸入肛門內2cm處的原發口觸摸診斷。有些醫師不會把手指伸進去，但這樣就不可能診斷得出來。如果病人知道「診察肛瘺的方式是將手指伸進去觸摸底部」，就能成為判斷這個醫師能不能信任的依據。還有一些醫師不說病名就直接開藥，但如果不知道病名就不可能對症下藥。這個時候可以向醫師詢問病名，最好還可以再任意問兩個左右的問題。如果醫師可以明確回答問題，或者可以提出兩種以上的治療方式，就是可以信賴的醫師。
