免痔馬桶必須注意不可過度使用。免痔馬桶對痔核（痔瘡）跟肛瘺比較沒有影響，但對肛裂（裂痔）可能會造成危害。因為水壓本身會對肛門造成刺激，且過度清潔會使臀部的正常菌叢減少，造成肛門免疫力降低，還可能導致肛門念珠菌感染等疾病。另外過度使用免痔馬桶也可能提高肛裂的可能性，建議使用時僅用溫水沖洗數秒，沖去沾黏的糞便即停止。洗澡時等若過度使用肥皂及殺菌劑清潔，也可能造成臀部潰爛發癢、脆弱型肛裂（因皮膚脆弱引起的裂痔）需要多加注意。
大便失禁也可能會引發痔瘡。因為皮膚是弱酸性，而腸液是強鹼性，糞便長時間接觸皮膚，會讓肛門周圍的皮膚等受損。這個時候疼痛會更加劇烈，需要注意。另外大便失禁有可能是因肛門疾病引起，也可能肛門正常卻出現大便失禁的狀況，必須確認原因後再進行治療。若是後者，就是直腸和肛門的活動無法互相配合的功能性問題，如果是醒著的時候才會失禁還有很多方法可以治療。嚴重的是會在睡覺時失禁的狀況。對這類病人，醫師會先利用內服藥和復健等進行保守治療，若治療沒有效果，就會進行「骶骨神經刺激療法」。這是一種將機械埋入臀部，用電流刺激骶骨神經來防止失禁的方法，日本從2014年開始納入健保給付。
「功能性直腸肛門痛」是肛門疾病的一種。這種疾病經常會在晚上產生劇烈疼痛，雖然不是每天，但依個人差異，可能會以每週一次、每月一次或每年一次的頻率出現。原因目前不明，如果不是有專科醫師的醫院很難診斷出來。大多數醫生可能會說是病人「想太多了」。但每位病人的共通點是都經歷了15分鐘左右令人想叫救護車的劇烈疼痛。據說這跟肛門的肌肉過度收縮和陰部神經有關，但對這種疾病自身目前還知之甚少。我也有一些病人有這種疾病，其中有的病人因為聽了診斷結果心情放鬆，症狀就緩和下來了。專科醫師雖然無法治療這種疾病，但能告訴病人這類資訊，所以如果有相關困擾，還是可以諮詢專科醫師。
