由於肛瘺幾乎不能用保守治療治癒，必須依靠手術才能痊癒。手術方式依肛瘺的型態會有很大的差異，有許多狀況都無法靠門診手術治療。另外肛瘺的治療過程中，麻醉也是一個負擔。如果有膿瘍，一般切開之前必須對患部打局部麻醉，但光是麻醉本身就會帶來劇烈疼痛。但本院採用的「骶骨硬膜外麻醉法」不會帶來劇烈疼痛，因此可以減輕病人的負擔。「骶骨硬膜外麻醉法」只會麻醉臀部周圍，且兩小時左右就會退掉，本院在門診手術及其他許多手術都採用這種麻醉方法。
引起肛瘺的原因是「肛門周圍膿瘍」。肛門周圍膿瘍會在肛門周圍化膿，它的起因是細菌入侵肛門和直腸之間的小凹洞，引起發炎。還有一種狀況是嚴重肛裂（裂痔）導致潰瘍，細菌入侵較深的傷口造成膿瘍。肛門周圍膿瘍若惡化，在肛門和肛門周圍皮膚之間會形成一條流出膿液的管道，就是肛瘺。症狀嚴重時形成在皮膚表面的孔會持續滲出膿液。變成這個狀態時，雖然內褲上會有汙跡，但因為膿液沒有蓄積在裡面，所以不會疼痛。但如果置之不理會有危險。曾經發生把肛瘺置之不理10年以上，最後變成癌症的案例。也曾經有病人想退休後再慢慢治療，結果變成癌症。所以請一定要就醫，切勿置之不理。
有許多肛瘺病人是平常不會化膿，腹瀉等時才會出現化膿症狀。肛瘺必須手術治療。肛瘺是指臀部形成線一般的膿液管道「廔管」，手術的目的是去除這條管道。肛瘺的原因是「肛門周圍膿瘍」，過去都說肛門周圍膿瘍的病人100％會形成肛瘺，但據說最近約有2〜3成的病人會自行痊癒。我們醫院通常建議明顯腫脹的病人盡快手術。大部分病人第一次來門診我們就會建議手術，第一次門診沒有手術的病人，若復發來第二次門診時我們也會強烈建議手術。因為肛門廔管如果反復發作，可能在不同的地方化膿，讓廔管位置變得複雜。這樣一來需要手術的部位自然也會跟著擴大。
肛瘺幾乎都需要手術。傳統的肛瘺手術是將肛門內側貫通肛門外側皮膚的膿液通道挖除。利用把橡皮筋穿過挖除的通道，再逐漸把橡皮筋縮緊的方法，用4〜5個月逐漸切開肌肉，同時讓肌肉癒合。近年各專科醫院開始引進完全不會破壞肌肉的「括約肌保留術」。本院引進的「LIFT手術」是利用線綁住廔管，截斷廔管通道，只會穿過不影響外側肌肉的位置。外側通道因為被截斷，細菌無法入侵，就會自然萎縮消失。
