肛門流膿在會形成膿液通道的「肛瘺」雖然很常見，但原因也可能出在肛門深處的腸道或肛門周圍的皮膚。
「克隆氏症」是從會讓嘴巴到肛門的所有消化道發炎的發炎性腸道疾病。特別容易發生在小腸最後端的迴腸跟大腸，但也有可能讓嘴巴到肛門的所有消化道和肛門附近的皮膚發炎。大多數發生在15〜25歲的年輕人身上。原因目前不明，但也有因免疫系統功能不全，讓腸道對進食或感染等反應過度的說法。
克隆氏症的常見症狀包含慢性腹瀉、腹痛、發燒、食慾不振、體重減少，而肛門會出現腫脹、疼痛、搔癢等容易和痔瘡混淆的症狀。克隆氏症病人也經常發生肛瘺、肛裂（裂痔）等痔瘡疾病。
這是一種肛門周圍的頂漿腺（汗腺的一種）發炎並慢性化的疾病。從肛門周圍到臀部及大腿的皮下出現一層蓄滿膿液的空間。皮膚會產生許多膿液出口，雖然不是全部都會連接到肛門管，但反覆發生後皮膚會增厚發黑，必須手術切除變厚的皮膚和膿液層。
膿皮症主要的症狀是流膿，所以這種疾病非常容易被誤認為會形成連接直腸和肛門周圍皮膚膿液通道的肛門廔管。且有許多病人會併發肛瘺。如果置之不理，範圍會慢慢擴大，應盡早至醫院就醫。
這是長在肛門周圍皮膚的普通毛囊炎。毛囊炎是細菌感染的一種。肛門的毛囊（包覆體毛根部的部位）發炎，毛孔會發紅。肛門有傷口或未保持清潔時等就容易因感染細菌造成毛囊炎。
肛周毛囊炎會流出膿液，並長出會痛的小顆突起（腫塊），跟會形成膿液通道的肛瘺症狀非常相似。雖然可能會自然癒合，但疼痛或腫脹劇烈時需至醫院就醫。
