肛門疼痛是由「肛裂（裂痔）」、「痔核（痔瘡）」、「肛門周圍膿瘍、肛瘺」等引起的症狀，但有時即使沒有長痔瘡，也會感到肛門疼痛。另外還有不知道是什麼疾病引起的疼痛。
「功能性肛門痛」是指即使沒有如痔瘡這樣的明確原因卻仍感覺肛門疼痛的疾病狀況。其中有些是神經和肛門括約肌過度緊張所引起，但也有原因不明的疼痛。
肛門疼痛很容易被認為是痔瘡引起的症狀，但這種疼痛與痔瘡疼痛不同，它的特徵是不論有沒有排便都會感到疼痛。
這是長在肛門周圍皮膚的普通毛囊炎。毛囊炎是細菌感染的一種。肛門的毛囊（包覆體毛根部的部位）發炎，毛孔會發紅。肛門有傷口或未保持清潔時就容易因感染細菌造成毛囊炎。
肛周毛囊炎會流出膿液，並長出會痛的小顆突起（腫塊），跟會形成膿液通道的肛瘺症狀非常相似。雖然可能會自然癒合，但疼痛或腫脹劇烈時需至醫院就醫。
